博士毕业后，吴晓林于2011年回到母校中南大学，担任公共管理学院教师、副教授。他此后历任中南大学公共管理学院行政管理系副主任、主任，并于2016年3月获任中南大学党委宣传部副部长。

2018年12月，吴晓林北上南开大学工作，出任周恩来政府管理学院教授、博士生导师，并于两年后履新南开大学党委宣传部副部长。2021年1月，吴晓林担任南开大学周恩来政府管理学院副院长，至此番履新。

他的研究方向为城市发展与治理、城市公共安全，著有《理解中国社区治理：国家、社会与家庭的关联》、《房权政治：中国城市社区的业主维权》、《现代化进程中的阶层分化与政治整合》、《中国五保养老保障研究：制度沿革、权利保护与策略选择》等，在International Public Management Journal、Journal of Urban Affairs、Asian Survey、Accident Analysis and Prevention、《政治学研究》、《中国行政管理》、《公共管理学报》等国内外权威刊物发表论文百余篇。

2023年12月，南开大学社会学院正式成立，张文宏担任首任院长。其中，原属周恩来政府管理学院的社会学系、社会工作与社会政策系、社会心理学系整建制划归新成立的社会学院。

南开大学周恩来政府管理学院成立于2004年5月，现由政治学系、行政管理系、国际关系系、高等教育研究所和公共管理（MPA）教育中心等组成，涵盖政治学、公共管理2个一级学科。

火影:开局忽悠纲手买藏宝图公开资料显示，吴晓林，1982年生，山东莱阳人，本科、硕士毕业于中南大学政治学与行政管理学院，2011年于南开大学周恩来政府管理学院获政治学博士学位，其间曾于2009年至2010年作为国家公派联合培养博士生赴牛津大学求学。